Escribir un código de progrmación el cual nos diga el patrón que se repite de las bases nitrogenadas en la siguiente informacipon genética:

ATCAATGATCAACGTAAGCTTCTAAGCATGATCAAGGTGCTCACACAGTTTATCCACAACCTGAGTGGATGACATCAAGATAGGTCGTTGTATCTCCTTCCTCTCGTACTCTCATGACCACGGAAAGATGATCAAGAGAGGATGATTTCTTGGCCATATCGCAATGAATACTTGTGACTTGTGCTTCCAATTGACATCTTCAGCGCCATATTGCGCTGGCCAAGGTGACGGAGCGGGATTACGAAAGCATGATCATGGCTGTTGTTCTGTTTATCTTGTTTTGACTGAGACTTGTTAGGATAGACGGTTTTTCATCACTGACTAGCCAAAGCCTTACTCTGCCTGACATCGACCGTAAATTGATAATGAATTTACATGCTTCCGCGACGATTTACCTCTTGATCATCGATCCGATTGAAGATCTTCAATTGTTAATTCTCTTGCCTCGACTCATAGCCATGATGAGCTCTTGATCATGTTTCCTTAACCCTCTATTTTTTACGGAAGAATGATCAAGCTGCTGCTCTTGATCATCGTTTC

In [8]:

Text = 'ATCAATGATCAACGTAAGCTTCTAAGCATGATCAAGGTGCTCACACAGTTTATCCACAACCTGAGTGGATGACATCAAGATAGGTCGTTGTATCTCCTTCCTCTCGTACTCTCATGACCACGGAAAGATGATCAAGAGAGGATGATTTCTTGGCCATATCGCAATGAATACTTGTGACTTGTGCTTCCAATTGACATCTTCAGCGCCATATTGCGCTGGCCAAGGTGACGGAGCGGGATTACGAAAGCATGATCATGGCTGTTGTTCTGTTTATCTTGTTTTGACTGAGACTTGTTAGGATAGACGGTTTTTCATCACTGACTAGCCAAAGCCTTACTCTGCCTGACATCGACCGTAAATTGATAATGAATTTACATGCTTCCGCGACGATTTACCTCTTGATCATCGATCCGATTGAAGATCTTCAATTGTTAATTCTCTTGCCTCGACTCATAGCCATGATGAGCTCTTGATCATGTTTCCTTAACCCTCTATTTTTTACGGAAGAATGATCAAGCTGCTGCTCTTGATCATCGTTTC'
k = 3
def FrequencyMap(Text,k):
    freq = {}
    n = len(Text)
    for i in range(n-k+1):
        Pattern = Text[i:i+k]
        freq[Pattern] = 0
        for x in range(n-k+1):
            if Pattern == Text[x:x+k]:
                freq[Pattern] +=1 
    return freq

print(FrequencyMap(Text,k))

{'ATC': 21, 'TCA': 17, 'CAA': 12, 'AAT': 10, 'ATG': 15, 'TGA': 25, 'GAT': 21, 'AAC': 3, 'ACG': 7, 'CGT': 5, 'GTA': 4, 'TAA': 6, 'AAG': 12, 'AGC': 10, 'GCT': 10, 'CTT': 17, 'TTC': 12, 'TCT': 16, 'CTA': 3, 'GCA': 3, 'CAT': 16, 'AGG': 5, 'GGT': 4, 'GTG': 5, 'TGC': 8, 'CTC': 14, 'CAC': 5, 'ACA': 7, 'CAG': 2, 'AGT': 2, 'GTT': 11, 'TTT': 16, 'TTA': 10, 'TAT': 6, 'TCC': 7, 'CCA': 8, 'ACC': 5, 'CCT': 9, 'CTG': 10, 'GAG': 6, 'TGG': 4, 'GGA': 7, 'GAC': 13, 'AGA': 8, 'ATA': 7, 'TAG': 5, 'GTC': 1, 'TCG': 7, 'TTG': 17, 'TGT': 10, 'TAC': 7, 'ACT': 9, 'CGG': 5, 'GAA': 7, 'AAA': 4, 'ATT': 11, 'GGC': 3, 'GCC': 8, 'CGC': 4, 'GCG': 4, 'GGG': 1, 'CGA': 7, 'CCG': 3, 'CCC': 1}

Para poder resolver este problema se realizó de la siguiente manera:

Definimos una función que se le puso FrecuencyMap, en esta función manejaremmos 2 variables Text y K. Como ya sabemos K se refiere a K-mer y text a la informació genética que se dió en un principio.
Definimos un diccionario vacio que se le puso freq
Definimos una variable n, la cual se le guardará la operación de que “n” nos de la longitud de Text, que a su vez Text tendrá la guardada la cadena de caraterer de la información genética.
Definimos un for para recorrer el patrón, la operación del for es la longitud del texto – el K mer + 1
La variable pattern la igualamos con el texto en que va de la i que recorre el for a i + el número de K mer
El diccionario freq lo llenaremos con la variable pattern y la igualamos a 0

Al igualarlo a 0 se escribirán todas las bases existentes dentro del texto.

Realizamos un segundo for, igual al primero para recorrer el texto lo que este se irá guardando en la variable x
Dentro del for compararemos la variable pattern creada anteriormente con un text con los parámetros que van de x a x+k
Pattern y ese Texto son idénticos empezará un contador, el cual pondrá el número de bases que se repiten y cuales son
Imprimimos en pantalla la función creada

In [ ]: