{"id":1057,"date":"2022-05-03T18:17:26","date_gmt":"2022-05-03T18:17:26","guid":{"rendered":"https:\/\/bioeconomyinnovation.com\/index.php\/clase-8\/"},"modified":"2024-09-07T00:35:04","modified_gmt":"2024-09-07T00:35:04","slug":"clase-8","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/bioeconomyinnovation.com\/index.php\/clase-8\/","title":{"rendered":"Clase 8"},"content":{"rendered":"\t\t
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Despu\u00e9s de haber estudiado los comandos b\u00e1sicos de python, las estructuras y lo esencial para poder realizar cualquier c\u00f3digo de programaci\u00f3n, como consejo para todos los lectores, es que antes de programar es entender bien el problema que se va a resolver y despu\u00e9s lo pasamos al lenguaje python.<\/h3>

En esta lecci\u00f3n aprenderemos a usar los textos enfocados en problemas de biolog\u00eda.<\/h2><\/div><\/div><\/div>
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La reproducci\u00f3n del genoma es una de las tareas m\u00e1s importantes antes de dividirse. Antes de que una C\u00e9lula de divida esta se reproduce, para que cada c\u00e9lula hija obtenga una copia de la informaci\u00f3n gen\u00e9tica. Como resultado se empieza con un par de cadenas complementarias de ADN y se termina con 2 pares complementarias.<\/p><\/div><\/div><\/div>\t\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/section>\n\t\t\t\t

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Vamos a empezar por encontrar el ori de algunos genomas de bacterias, las cuales tienen cientos de nucle\u00f3tidos, el motivo de esto es econtrar el ori en algunas otras bacterias (Cabe resaltar que los ejemplos usados, son solo ejemplos y algunos pueden ser inventados, solo con el fin de practicar). El siguiente ejemplo es de la bacteria vibrio-cholerae, el tiene la siguiente secuencia de nucle\u00f3tidos:<\/p>\t\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/section>\n\t\t\t\t

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Dentro de esta secuencia de nucle\u00f3tidos, hay un patr\u00f3n qque es el que m\u00e1s se repite, lo llamremos K-mer. Con ayuda de la inform\u00e1tica y lo aprendido en python analizaremos la base de nucletidos para obtener cual es el patr\u00f3n que m\u00e1s se repite<\/p><\/div><\/div><\/div>

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Pot ejemplo, “ACTAT” es una cadene frecuente en:<\/p>

ACAACTAT<\/strong>GCATACTAT<\/strong>CGGGAACTAT<\/strong>CCT<\/p><\/div><\/div><\/div>

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Para poder realizar est\u00e1 busqueda es necesario tener un contador, que en cada vuelta har\u00e1 un recorrido en las bases nitrogenadas dependiendo de cuantos caracteres tenga en patr\u00f3n:<\/p><\/div><\/div><\/div>

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Por ejemplo: Queremos saber cuales son los k mer m\u00e1s frecuentes en un texto -Text = “CGATATATCCATAG”- and k=3, crearemos una funci\u00f3n que nos ayude hacer este conteo.<\/p>\t\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/section>\n\t\t\t\t

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Recuerde que los nucle\u00f3tidos A y T son complementos entre s\u00ed, al igual que C y G. Teniendo una hebra de ADN y un suministro de nucle\u00f3tidos “flotantes libres” como se muestra en la figura a continuaci\u00f3n, podemos imaginar la s\u00edntesis de una hebra complementaria en un hilo de plantilla. La siguiente figura muestra una hebra molde “AGTCGCATAGT” y su hebra complementaria “ACTATGCGACT”.<\/p>\t\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/section>\n\t\t\t\t

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L a hebra complementaria en la figura a continuaci\u00f3n se lee “TCAGCGTATCA” de izquierda a derecha en lugar de “ACTATGCGACT”. A y T son complementarios entre s\u00ed, al igual que C y G. El comienzo y el final de una hebra de ADN se denotan 5′ (se pronuncia “cinco primos”) y 3′ (se pronuncia “tres primos”), respectivamente. Cada hebra de ADN se lee en direcci\u00f3n 5′ \u2192 3′, y la hebra complementaria corre en direcci\u00f3n opuesta a la hebra molde. Consulte DESV\u00cdO: Direccionalidad de las cadenas de ADN para saber por qu\u00e9 los bi\u00f3logos usan 5′ y 3′ para referirse al principio y al final de una cadena de ADN.<\/p>\t\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/section>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

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